Après sa réouverture en 2003 sous l’impulsion de Roland Besenval, la DAFA n’est plus la même institution que celle qui avait été fondée en 1922. Ses missions ont changé, tout comme ses méthodes de travail. Elle est restée jusqu’en 2021 l’interlocuteur privilégié du gouvernement afghan en matière d’archéologie, en coopérant de manière étroite avec l’Institut National d’Archéologie afghan, en contribuant à la formation des archéologues afghans et en s’investissant particulièrement dans la protection du patrimoine culturel afghan et la lutte contre le trafic des antiquités. La DAFA, ouverte sur toutes les périodes de l’histoire, ne se focalise plus sur la découverte de la présence grecque en Afghanistan. Quand c’était possible, elle a repris une activité archéologique de terrain, en concentrant l’essentiel de ses efforts sur quelques sites à Bactres et dans l’ensemble de l’oasis de Balkh, dans la vallée de Bamyan, à Hérat, à Kaboul et à Mes Aynak.