Lorsque la DAFA a été fondée en 1922, elle obtint le monopole des fouilles en Afghanistan pour une durée de 30 ans et fut donc le seul organisme à fouiller dans le pays pendant plusieurs décennies. Les membres de la Commission des fouilles d’Afghanistan, des savants et des diplomates pétris de culture classique, investirent Alfred Foucher de la mission principale de découvrir les traces de la présence grecque en Afghanistan. Bactres fut choisi comme premier site d’exploration, dans la perspective d’y fouiller les monuments royaux de l’époque hellénistique. Mais ce fut un échec et Alfred Foucher quitta l’Afghanistan en 1925 sans y revenir. Dans les années qui suivirent et jusqu’à la seconde guerre mondiale, l’essentiel des efforts furent reportés sur l’exploration d’un grands nombre de monuments et de sites bouddhiques sous la houlette de Joseph Hackin, dont ceux de Hadda, Bamiyan, ou l’exploration de sites des premiers siècles de notre ère comme Bégram. Aucun ne révéla la présence de niveaux archéologiques de l’époque hellénistique, mais ces découvertes mirent en évidence l’empreinte réelle de la culture grecque. L’arrivée de Daniel Schlumberger à la tête de DAFA en 1945 favorisa une réorientation de la délégation qui perdit le monopole des fouilles et se transforma en une mission permanente installée à Kaboul. Daniel Schlumberger impulsa des recherches sur d’autres périodes du passé afghan, l’époque islamique (Lashkari Bazar) ou la protohistoire (Mundigak). Mais d’importants efforts furent consacrés à la fouille du grand sanctuaire kouchan de Surkh Kotal entre 1952 et 1963, qui révéla à nouveau l’ampleur de l’héritage gréco-romain. La découverte d’Aï Khanoum, importante ville grecque fouillée entre 1965 et 1978 sous la direction du nouveau directeur Paul Bernard, vint couronner la stratégie suivie par la DAFA pendant plusieurs décennies. Cette stratégie a conduit à délaisser les périodes les plus récentes et les plus anciennes de l’histoire afghane, malgré la fouille du site protohistorique de Shortugaï entre 1977 et 1979 sous la direction d’Henri-Paul Francfort. Jean-Claude Gardin, devenu directeur de la DAFA en 1980 et favorable à une ouverture, n’eut pas le temps de réorienter les activités.