L’une des missions de la DAFA est de contribuer à la formation des jeunes chercheurs et des jeunes chercheuses qui souhaitent s’investir dans la découverte et la préservation du patrimoine culturel de l’Afghanistan. Pour le rendre possible, elle a développé une politique de coopération et des dispositifs d’accueil en collaboration avec divers partenaires.
L’accent a été mis sur la formation des jeunes professionnels afghans, future colonne vertébrale de l’archéologie afghane. Les membres de l’Institut national d’Archéologie d’Afghanistan ont été étroitement associés aux activités de la DAFA, en collaboration avec le département d’archéologie de l’Université de Kaboul, afin de former de futurs archéologues à travers des cycles d’enseignement et des chantiers école de fouille. Des cycles de conférences ont été organisés pour les étudiants, ainsi que pour les enseignants du département d’archéologie, et les étudiants ont aussi bénéficié de la possibilité de s’intégrer aux équipes de la DAFA dans le cadre de stages de fouille, plus particulièrement à Bâmiyân, Kaboul, Hérat, Balkh ou encore à Qol-e Tut, fouille dirigée par Zafar Païman. L’objectif était de les former aux techniques de détection et de télédétection (géomatique), aux techniques et méthodes de la fouille stratigraphique, au traitement des données archéologiques (enregistrement photographique, étude et dessin céramique), ou encore au relevé architectural. Des stages de DAO furent également organisés dans les laboratoires de la DAFA.
En collaboration avec le Service de Coopération et d’Action Culturelle de l’Ambassade de France à Kaboul, la DAFA s’est aussi impliquée dans l’organisation de stages de formation linguistique ou professionnelle en France pour des étudiants et des étudiantes afghans.
Un dispositif de bourses de courte durée permettait aussi d’accueillir des doctorants ou post-doctorants français travaillant sur les thématiques abordées par la DAFA.