Issu du programme des grandes réformes impulsées par le roi Amanullah, notamment dans le domaine de l’éducation (création du Lycée Istiqlal) et de la culture, le Musée national de Kaboul voit le jour en 1919. Dans un premier temps, il s’agit de rassembler au palais de Bagh-i Bala un certain nombre d’œuvres notamment des manuscrits. En 1924, les collections sont transférées au palais de Kot-i Baghcha qui, malheureusement, fait l’objet de pillages lors de la guerre civile de 1929. En quête d’un édifice plus sécurisé et avec l’aide de la DAFA, le Musée national s’installe en 1931 dans l’édifice actuel, à Darulaman, initialement inauguré en 1924 pour héberger le ministère des affaires étrangères.
Lors des trois décennies qui suivent, les objets qui intègrent le Musée sont, outre les découvertes fortuites, issus essentiellement des fouilles françaises conduites sur les sites de Païtava, Bamiyan, Hadda et Begram, comme le prévoit la convention de 1922 concernant la concession du privilège accordé à la France des fouilles archéologiques en Afghanistan. En 1937, la découverte du trésor de Begram fait l’objet d’une exposition au Musée national, inaugurée par le roi Zaher Shah, une exposition qui fait prendre conscience aux Afghans de la richesse de leur patrimoine et du bien-fondé des recherches de la DAFA.
La contribution de la DAFA à la restauration des objets exhumés est particulièrement mise en lumière sur le site de Tepe Marandjân : la découverte d’un Boddhisattva dans une niche de la cour du stûpa principal est l’occasion pour Jean Carl et Joseph Hackin de consolider la statue sur place, un travail technique minutieux qui permet à cette statue de figurer en bonne place au musée. En 1946, Pierre Hamelin se charge de restaurer les ivoires et les verres de Begram, mais les conditions matérielles offertes au musée sont loin de répondre aux exigences de la restauration et de la conservation, dont la DAFA ne peut se charger. Après la deuxième Guerre mondiale, l’excellence des relations entre les directeurs du Musée, notamment avec Ahmed Ali Kohzad et Abdul Rahim Ziyai, tous deux francophones, et les directeurs de la DAFA, permet d’activer des réseaux muséaux ou institutionnels (UNESCO par exemple) pour pallier ces déficiences, en accordant en particulier des bourses de formation. Et à partir de 1980, des liens nouveaux s’établissent entre le Musée national et la DAFA, qui concernent les travaux de restauration ou d’organisation des salles et des collections, le musée devant offrir à la fois un lieu d’exposition, des espaces de stockage et des laboratoires de recherche. Sous la direction de Jean-Claude Gardin (de 1980 à 1982), la DAFA est directement responsable de la restauration des objets de Bégram, d’Aï Khanoum, de Surkh Kotal et de Tilla Tépé. Une grande partie des collections céramiques du Musée sont classées par Bertille Lyonnet, que ce matériel provienne des sites fouillés par la DAFA ou par des missions étrangères. Les vestiges ostéologiques de Shakh Tépé, Shortugaï et Aï Khanoum sont étudiés et remis au musée, accompagnés d’une proposition concernant spécifiquement la conservation de ces vestiges. Lorsque la DAFA voit ses activités suspendues en septembre 1982, J.-C. Gardin, en accord avec le Ministère des Affaires étrangères français, remet au Musée les parts françaises de Lashkari Bazar et de Surkh Kotal ainsi que les objets étudiés à la DAFA, une masse considérable de matériels (les tessonniers représentant à eux seuls plus de 25 tonnes) ; en amont, un plan complet de réaménagement du musée est conçu et proposé par la DAFA à M. Katawazi, directeur du Musée, qui souhaite amplifier sa coopération, en particulier dans le domaine de la restauration.