La DAFA est soutenue par des partenaires internationaux reconnus dans le domaine de la protection et de la mise en valeur du patrimoine culturel afghan tels que l’UNESCO, ICOMOS (à Shahr-e Ghologola), l’Aga Khan Trust for Culture et l’Alliance internationale pour la protection du patrimoine (ALIPH). Elle collabore avec la Banque Mondiale et a bénéficié des capacités logistiques du Département d’Etat américain et la Force Internationale d’Assistance et de Sécurité (ISAF).
La DAFA est un institut de recherche qui entretient d’étroites relations avec certains organismes de recherche scientifique français tels que l’Académie des Inscriptions et Belles Lettres, le Centre National de la Recherche Scientifique et le Musée national des arts asiatiques Guimet, l’INALCO. La DAFA a aussi développé un partenariat scientifique avec des instituts de recherches européens et internationaux : l’université l’Orientale de Naples, le Deutsches Archäologisches Institut, l’Istituto Italiano per l’Africa e l’Oriente, l’Institute for the Study of Ancient cultures Institute et la société ICONEM.