La DAFA s’implique de manière générale dans des actions de coopération qui relèvent de deux principaux domaines:
- la formation des étudiants et des jeunes chercheurs. La DAFA a systématiquement accueilli des étudiants afghans pour les former à la pratique et aux techniques de l’archéologie, notamment dans le cadre de stages. Elle a collaboré dans ce cadre avec l’Université de Kaboul.
- la protection et la mise en valeur du patrimoine culturel afghan et la lutte contre le pillage des antiquités afghanes. Cette activité a pris beaucoup d’importance depuis le repli des activités de la DAFA en France. Elle est menée en collaboration avec la société ICONEM.
La DAFA entretient des liens importants avec un ensemble d’ONG ou d’associations basées en France, en Afghanistan ou à l’étranger et mènent avec elles des opérations de diverses natures. Elle contribue notamment aux activités de l’AFRANE, l’Amitié Franco-Afghane, et à celles du CEREDAF, le centre de recherche et de documentation sur l’Afghanistan.