La DAFA a été créée par une convention bipartite signée le 9 septembre 1922 avec l’état afghan et placée sous la direction d’Alfred Foucher éminent indianiste. Cette collaboration politique et culturelle unique entre la France et l’Afghanistan a débuté par des missions d’exploration et s’illustre aujourd’hui à travers une recherche archéologique dynamique dont la renommée est internationale.
L’histoire de la DAFA est marquée par quatre périodes qui correspondent à des tournants dans l’histoire internationale, mais aussi par le parcours personnel de chacun de ses directeurs, sans oublier l’évolution rapide des méthodes scientifiques de l’archéologie.
La DAFA de 1922 à 1942
En signant la convention des fouilles archéologiques avec l’Afghanistan, la France a obtenu un monopole des recherches archéologiques dans ce pays. Le rôle politique et le charisme des chercheurs à la tête de la DAFA durant cette période est évidemment essentiel : Alfred Foucher de 1922 à 1934 (mais il occupe la fonction de directeur nominal jusqu’en 1945), Joseph Hackin de 1934 à 1940 et Roman Ghirshman de 1940 à 1942.
La première grande mission entreprise par A. Foucher, de 1923 à 1925, concerne les fouilles archéologiques dans la mythique citadelle de Balkh. Alors que ses intérêts scientifiques personnels le portent davantage vers le développement des recherches sur l’art gréco-bouddhique dont il est sans doute le plus grand connaisseur de l’époque, A. Foucher est contraint par des objectifs fixés pour la DAFA à Paris, de rechercher les vestiges de la civilisation grecque laissés par Alexandre le Grand lors de sa conquête de cette partie du monde. Cette mission sera qualifiée par A. Foucher, faute de découvertes probantes, de « mirage bactrien », raconté dans le premier tome des Mémoires de la DAFA intitulé « La Vieille route de l’Inde, de Bactres à Taxila ».
Il faut attendre les trois campagnes de fouilles intensives menées à Hadda de 1926 à 1928 par Jules Barthoux, pour exhumer des milliers de pièces archéologiques des périodes gréco-bouddhiques tant convoitées par A. Foucher.
C’est durant ces premières années en Afghanistan que Joseph Hackin poursuivra les fouilles commencées à Bâmiyân par André Godard. Après le départ d’A. Foucher d’Afghanistan, en 1925, c’est J. Hackin qui prendra la responsabilité de la DAFA jusqu’à son départ durant la Deuxième Guerre Mondiale. Ce dernier contribuera à la renommée de l’institution par la découverte du trésor de Bégram, fouillé de 1936 à 1940, trésor qui témoigne de la prospérité économique du pays sous l’empire kushan et illustre la position centrale de l’Afghanistan comme un carrefour d’influences notamment indiennes et iraniennes.
Avec le départ de J. Hackin en 1941, c’est Roman Ghirshman qui dirige la DAFA pendant deux ans avant d’être révoqué par le gouvernement de Vichy. Durant cette période il continuera le travail de son prédécesseur à Bégram et ouvrira un chantier sur le site préhistorique de Nad-i-Ali, élargissant ainsi le champ d’intervention chronologique de la DAFA.
La DAFA de 1945 à 1965
Cette seconde période se caractérise par de profonds changements politiques, institutionnels et scientifiques. La Commission consultative des recherches archéologiques à l’étranger définit les nouvelles orientations des travaux français à l’étranger. Le monopole de la DAFA prend fin en Afghanistan et un siège permanent est installé à Kaboul sous la direction de Daniel Schlumberger. L’institution va désormais jouer un rôle d’expertise auprès des autorités afghanes et former de jeunes chercheurs aux études orientales.
Orientée vers l’archéologie gréco-bouddhique jusqu’en 1945, la DAFA élargit ses champs de compétence aux périodes protohistorique et islamique afin de répondre aux préoccupations nationales. La Protohistoire afghane est explorée sur le site de Mundigak fouillé de 1951 à 1958 sous la direction de J.-M. Casal. Des sites de la période islamique mobilisant divers spécialistes sont également étudiés, principalement le Lashkari Bazar sous la direction de D. Schlumberger (1949 à 1952) puis le minaret de Djâm confié à André Maricq et Ali Kohzad en 1957.
C’est dans une perspective hellénisante que D. Schlumberger poursuit les travaux d’A. Foucher à Balkh, mais les sondages ne révèlent, cette fois-ci encore, aucun vestige grec. La découverte de blocs portant des inscriptions bactriennes écrites en caractères grecs l’amène à suivre cette piste sur un autre site, celui de Surkh Kotal. Le site est un sanctuaire construit vers 125 après J.-C. par un souverain de la dynastie des Kushans, mais le décor architectural atteste l’existence d’un foyer d’art grec local. C’est finalement sur le site d’Aï Khanoum, après la découverte d’un chapiteau corinthien, que la DAFA entreprendra la fouille d’une véritable colonie grecque à partir de 1964.
Parallèlement aux grandes missions, D. Schlumberger multiplie les fouilles ponctuelles élargissant ainsi les perspectives de l’institution face à la concurrence étrangère. Les sites de Kohna Masdjid, Shakh Tépé et le monastère de Guldara sont tous trois fouillés en 1963. D. Schlumberger développe par ailleurs la bibliothèque de recherche initiée par J. Hackin afin de combler le retard des publications.
La DAFA de 2002 à aujourd'hui
C’est dans un contexte de reconstruction du pays marqué par 20 ans de guerre que la DAFA se réinstalle à Kaboul en 2003 sous la direction de Roland Besenval. Ce spécialiste de la Protohistoire centre-asiatique élabore un programme scientifique pour étudier l’histoire de l’Oasis de Bactres de ses plus anciennes occupations à la période timouride. En 2005, il y découvre le site de Tépé Zargarân et reprend les fouilles sur le Bala Hissar. À partir de 2007, il s’intéresse également aux remparts de Balkh et au site de Cheshme Shafâ.
Philippe Marquis reprend la direction de la DAFA en 2009, poursuivant les recherches dans l’Oasis de Bactres tout en engageant un vaste programme de sauvetage du site de Mes Ainak dans le Logar, dont les enjeux scientifiques, patrimoniaux et politiques sont immenses. En 2012, un traité d’amitié et de coopération incluant les travaux de la DAFA est signé entre la République française et la République islamique d’Afghanistan pour une durée de 20 ans.
A partir de 2014, la DAFA est dirigée par Julio Bendezu-Sarmiento. Les travaux se poursuivent à Balkh (Bala Hissar), Cheshme Shafâ, Noh Gonbad, sur le complexe de Mosallâ à Hérat, à Shahr-e Gholghola à Bâmiyân et à Mes Ainak. Les archéologues franco-afghans, soutenus par la DAFA, continuent leurs recherches : Zémaryalaï Tarzi à Bâmiyân de 2003 à 2012 et Zafar Païman à Kaboul depuis 2004.
Mais la situation sécuritaire se dégrade et la DAFA finit par être délocalisée à Ashgabad au Turkemnistan au mois d’avril 2018. La même année, Philippe Marquis reprend la direction de la DAFA et parvient à maintenir une activité scientifique, en travaillant notamment à l’élaboration de la carte archéologique de l’Afghanistan tandis qu’Olivier Bordeaux, alors secrétaire scientifique de la DAFA, fait l’étude des monnaies de Bactres. A partir de septembre 2019, le directeur de la DAFA est rapatrié à Paris et le poste de secrétaire scientifique est supprimé à compter du 1er septembre. Les activités de terrain devenant de plus en plus difficiles à mener, la DAFA va opérer en apportant un soutien logistique et scientifique à des équipes afghanes ou en développant des projets de formation. Elle intervient en appui de l’action d’organismes comme l’UNESCO, la fondation Aga Khan pour la Culture (AKTC) et l’Alliance internationale pour la protection du patrimoine (ALIPH) ou encore l’ONG afghane ACHO (Afghanistan cultural heritage organization). La DAFA s’implique ainsi de manière active dans la protection de Mes Ainak ou des monuments du complexe du Musalla à Hérat, ainsi que dans la fouille et la mise en valeur du Bala Hissar de Kaboul. Après une année d’interruption provoquée par l’épidémie de COVID, l’activité reprend et Philippe Marquis peut revenir en Afghanistan en janvier 2021. Mais il est de retour à Paris à partir de l’été 2021, car le personnel de l’ambassade de France à Kaboul est rapatrié en France au mois d’ août après le retour au pouvoir des talibans. Depuis cette date, l’activité de la DAFA reste pilotée depuis Paris. La célébration du centenaire de sa fondation est marquée en 2022 par l’organisation de plusieurs manifestations scientifiques.