Le Bala Hissar est l’un des principaux vestiges encore subsistant du Kaboul médiéval. Ce monument a fait l’objet de nombreuses descriptions et études historiques qui se sont avant tout intéressées aux occupations islamiques du site. Il est généralement admis que ce site a été fortifié dès les Vème et VIème siècles, même si aucun élément archéologique ne venait étayer cette hypothèse. Cette période est également celle qui est retenue pour les premiers états du rempart de la ville dont les restes sont encore visibles sur la crête rocheuse (Shir Darvâza), au pied de laquelle se trouve le Bala Hissar et la vieille ville de Kaboul.
Les sites archéologiques les mieux connus à proximité du Bala Hissar concernent Tépé Marandjân exploré dès les années 1930, Qol-e Tut et Tepe Nârenj où de vastes complexes monastiques bouddhiques ont été identifiés. Plus près, dans la vieille ville, à très faible distance du Bala Hissar, on peut observer des anomalies topographiques qui pourraient être l’indice d’occupations anciennes mais qui ne semblent pas avoir fait, l’objet d’observations archéologiques.
En 2007, des travaux préparatoires entrepris par le Ministère de la Défense sur le site du Bala Hissar motivèrent l’intervention du Ministère de l’Information et de la Culture. La nature des travaux ainsi que la localisation des bâtiments projetés étaient en effet potentiellement préjudiciables à la conservation des niveaux archéologiques de ce site.
A la demande du Ministère de l’Information et de la Culture et de l’Institut National d’Archéologie afghan, la DAFA a apporté son concours à une évaluation archéologique du site, de manière à établir la nature et l’épaisseur des dépôts archéologiques rencontrés, et proposer les éléments d’un zonage archéologique déterminant le degré de sensibilité des différentes zones archéologiques.
L’étude conduite avec l’Institut National d’Archéologie a révélé un réel potentiel archéologique et a permis d’individualiser une zone de forte sensibilité archéologique couvrant l’essentiel de la zone du Bala Hissar (moins le secteur de la Citadelle) et une zone de plus faible sensibilité archéologique. Il est également apparu que la première occupation du Bala Hissar remonte au moins au IIe siècle av. J.-C.
A partir de 2018, la DAFA a repris une activité au Bala Hissar à l’occasion d’un important programme de restauration et de mise en valeur du site piloté par l’Institut National d’Archéologie afghan, avec le soutien de la Fondation Aga Khan pour la Culture et de l’ALIPH à partir de 2020. L’objectif est de protéger les monuments et de créer un parc archéologique, accessible aux habitants de la ville. La DAFA a pu conduire à cette occasion une nouvelle évaluation archéologique. Elle a montré que la zone la plus élevée de la fortification renferme des niveaux archéologiques sur plusieurs mètres d’épaisseur. D’importants niveaux kouchans ont été observés. Des sondages ont été entrepris à partir de 2020 en plusieurs endroits de la citadelle et en coordination avec les travaux de restauration. Si des aménagements des XIXe et XXe siècles ont été atteints en grand nombre, les fouilleurs ont également mis au jour des structures, dont les plus anciennes remontent à une période s’étendant du Ier siècle av. J.-C. au IIIe siècle ap. J.-C. et qui semble constituer un moment important de l’occupation, ainsi que des constructions des XI-XIIe siècles et du XVIe siècle, moment de remaniement du site.