Le CNRS est le principal organisme public français de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du Ministère de l’Education nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche. La DAFA collabore principalement avec une dizaine d’Unités Mixtes de Recherches (UMR) du CNRS associées aux programmes scientifiques qu’elle soutient :

• UMR 5133, Archéorient-Environnements et sociétés de l’Orient ancien.
• UMR 7041, Archéologies et Sciences de l’Antiquité.
• UMR 7207, Centre de recherche sur la paléo-biodiversité et les paléo-environnements, Muséum National d’Histoire Naturelle.
• UMR 7206, Eco-anthropologie et Ethnobiologie, et UMR 5288, Anthropologie moléculaire et imagerie de synthèse (études de l’ADN ancien humain et animal en Asie centrale et en Afghanistan).
• UMR 7209, Archéozoologie, Archéobotanique : sociétés, pratiques et environnements .
• UMR 8167, Orient & Méditerranée (travail sur nos bases de données archéologiques et d’archives).
• UMR 8546, Archéologie et Philologie d’Orient et d’Occident (étude des peintures murales de Bactres et de Mes Aynak, étude de la céramique de Bactres et Cheshme Shafâ).
• UMR 8041, Centre de Recherche sur le Monde iranien : Langues, cultures et sociétés de l’Antiquité à nos jours