Fondée en 1663 par Colbert, l’Académie des Inscriptions et Belles-Lettres perpétue une tradition multiséculaire tout en favorisant les avancées les plus novatrices de la recherche. Le partenariat entre l’Académie et la DAFA a pris plusieurs formes : conférences sur les travaux scientifiques de la DAFA, coopération en matière de publications scientifiques et soutien financier. En 2007 et 2008, la DAFA a ainsi pu bénéficier, grâce à l’Académie des Inscriptions et Belles-lettres du prix Simone et Cino Del Duca, dont les fonds ont été utilisés pour les opérations dans le Nord de l’Afghanistan (fouilles et prospections dans la province de Balkh) et la réactualisation du fonds de la bibliothèque Jean-Claude Gardin. En 2022, l’Académie des Inscriptions et Belles Lettres s’est fortement impliquée dans la célébration du centenaire de la fondation de la DAFA.